Gereja Katolik Paroki Hati Kudus Yesus Karombasan berawal dari adanya Biara MSC (Missionarii Sacratissimi Cordis Iesu) Paal 3 Manado, sekitar tahun 1950-an yang dihuni oleh para Misionaris MSC, baik pastor maupun bruder.
Adapun para pastor MSC saat itu sedang berkarya sebagai dosen di Seminari Tinggi Pineleng, Universitas Sam Ratulangi Manado, IKIP Negeri Manado dan Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Politik (STISIPOL) Kodam Manado, diantaranya Pastor Wim van Betuw, MSC, Pastor Marks, MSC, Pastor Hubink, MSC dan para Bruder seperti Bruder Bloom, MSC, Bruder Kivits, MSC, Bruder Theodorus Backum, MSC, dan Bruder Cornelius Lathowers, MSC, yang mengelola bengkel mobil dan motor serta pertukangan kayu.
Umat di sekitarnya memanfaatkan Kapel Biara MSC untuk menghadiri perayaan ekaristi dan perayaan lainnya, sekalipun masih merupakan bagian dari umat Paroki Santu Joseph Pelindung Pekerja Kleak, Manado Selatan.
Seiring perkembangan penduduk dan bertambahnya umat, maka pada tahun 1966 Superior Daerah Tarekat MSC Wilayah Sulawesi berinisiatif membangun gereja yang masih berada dalam area Biara MSC. Adapun gereja yang dibangun tersebut didesain oleh Bruder Backum, MSC dengan konstruksi semi permanen serta kapasitas daya tampung sekitar ± 300 orang. Dengan demikian adanya rumah Biara MSC di Paal 3, menjadi cikal bakal perkembangan umat dan pemekaran paroki, yaitu Paroki Hati Kudus Yesus Karombasan.
Tanggal 15 Oktober 1967 diresmikanlah Paroki Hati Kudus Yesus Karombasan, terpisah dari Paroki Santu Joseph Pekerja Kleak Manado Selatan; 15 Oktober adalah ulang tahun resmi Paroki Hati Kudus Karombasan Adapun pembaptisan pertama diadakan pada tanggal 10 Desember 1967 atas nama Stella Nova J. Maria.
Awal berdiri sebagai paroki baru memiliki dua Wilayah Rohani, yaitu Wilayah Rohani Santa Maria Ratu Pencinta Damai (Karombasan dan sekitarnya) dan Wilayah Rohani Santo Hironimus (Winangun). Sejak tahun 1967 sampai tahun 1996 yang menjadi Pastor Paroki adalah sekaligus Superior Daerah MSC Wilayah Sulawesi, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Utara.
Tahun 2001 Pastor Paroki Andre Santie, MSC bersama umat berinisiatif untuk merencanakan membangun gedung gereja yang lebih representatif dan dapat menampung lebih banyak umat, mengingat gereja yang ada sudah berusia 35 tahun dengan kapasitas yang kecil bila dibandingkan dengan jumlah umat yang terus berkembang; di samping itu kondisi dan konstruksi yang tidak baik lagi termakan usia.
Maka pada tanggal 17 September 2001, melalui SK Dewan Pastoral Paroki Hati Kudus Yesus No. 019/DPP-HKY/2001, dibentuklah Panitia Pembangunan Gereja yang diketuai oleh Bapak Ir. Jeremias Tjakra, MT. Tanggal 2 Januari 2002 dilakukanlah peletakan batu pertama oleh Uskup Keuskupan Manado, Mgr. Joseph Suwatan, MSC; dan pada bulan April 2002 diadakan serah terima pengalihan kepemilikan tanah dan gereja lama, oleh Superior Daerah MSC, Pastor Poltje Pitoy, MSC kepada Pastor Andre Santie, MSC.
Melalui usaha umat bersama Pastor Paroki, Andre Santie MSC yang kemudian dilanjutkan Pastor Frans Mandagi, MSC, gereja yang baru dapat diselesaikan dan diresmikan pada tanggal 25 Juni 2006 oleh Mgr. Joseph Suwatan, MSC.
Awal terbentuknya Paroki Hati Kudus Yesus pada tahun 1967 hanya terdiri atas 2 Wilayah Rohani. Hingga saat ini telah berkembang menjadi 19 Wilayah Rohani.
